Кыргыз-Өзбек университетинин базасында 1998-жылы өзбек тилдүү мектептерге мугалимдерди даярдоо үчүн Өзбек-педагогика факультети түзүлгөн (буйрук № 22, 05.09.1998-ж).
1999-жылы университеттин Окумуштуулар Кеңешинин чечими менен ал факультет табигый-педагогикалык жана гуманитардык педагогикалык факультеттерге бөлүнгөн.
2001-жылы университеттин Окумуштуулар Кеңешинин чечими менен табигый-педагогикалык факультети дагы экиге: табигый-математикалык жана музыка-педагогикалык факультеттерге бөлүнгөн.
2005-жылдын январь айындагы университеттин Окумуштуулар Кеңешинин чечими менен табигый-математикалык факультети дагы экиге: физика-математикалык жана табигый-географиялык факультеттерге бөлүнгөн.
2013-жылдын август айындагы университеттин Окумуштуулар Кеңешинин чечими менен жогорудагы эки факультет бириктирилип, кайрадан табигый-педагогикалык факультети түзүлгөн жана декандын милдети аткаруу х.и.к. Б.О.Мурзабаевге жүктөлгөн.
2013-жылдын 11-октябрында табигый-педагогикалык факультеттин деканы кызматына конкурс жарыяланып, профессордук-окутуучулар курамынын көпчүлүк добушу менен ал кызматка ф.-м.и.к., доцент Зулпукаров Алтынбек Зулпукарович шайланган.
2014-жылдын 5-сентябрында табигый-педагогикалык факультеттин деканы ф.-м.и.к., доцент З. А. Зулпукаров окуу департаментинин директору кызматына которулгандыктан, факультеттин декандык кызмат ордуна конкурс жарыяланып, профессордук-окутуучулар курамынын көпчүлүк добушу менен ал кызматка п.и.к., доцент Узакбаев Ибрагим Советович шайланган.
2020-жылдын 26-октябрында университеттин Окумуштуулар Кеңешинин № 2 протоколунун (буйрук №78, 26.10.2020) чечими менен табигый-педагогикалык факультети кайрадан экиге бөлүнгөн:
- Табигый-педагогикалык жана маалыматтык технологиялар факультети (ТПМТФ);
- Гуманитардык-педагогикалык факультети (ГПФ).
Ал эми ректордун буйругу менен табигый-педагогикалык жана маалыматтык технологиялар факультетинин деканынын милдетин аткаруучу болуп, ф.-м.и.к., доцент Жээнтаева Жумагүл Кенешовна дайындалган.
2020-жылдын 9-декабрында табигый-педагогикалык жана маалыматтык технологиялар факультетинин деканы кызмат ордуна конкурс жарыяланып, профессордук-окутуучулар курамы бир добушу менен ал кызматка ф.-м.и.к., доцент Жээнтаева Жумагүл Кенешовна шайланды.
Шайлоонун жыйынтыгынын негизинде КӨУнун ректорунун 2020- жылдын 10-декабрындагы №99-НИ буйругу менен Ж.К.Жээнтаева ТПМТФнын деканы болуп иштеп келүүдө.