На базе Кыргызско-Узбекского университета в 1998 году для подготовки учителей школ с узбекским языком был организован узбекско-педагогический факультет (приказ № 22, 05.09.1998).
В 1999 году решением Ученого Совета университета этот факультет был разделен на естественно-педагогический и гуманитарно-педагогический факультеты.
В 2001 году решением Ученого Совета университета естественно-педагогический факультет еще был разделен на два: естественно-математический и музыкально-педагогический факультеты.
В январе месяце 2005 года решением Ученого Совета университета естественно-математический факультет еще был разделен на два: физико-математический и естественно-географический факультеты.
В августе месяце 2013 года решением Ученого Совета университета вышемупомянутые два факультета были объединены, был организован естественно-педагогический факультет и исполнение обязанностей декана было возложено на к.х.н. Б.О.Мурзабаева.
11 октября 2013 года, на объявленном конкурсе на должность декана естественно-педагогического факультета, большинством голосов профессорско-преподавательского состава был избран ф.-м.и.к., доцент Зулпукаров Алтынбек Зулпукарович.
5 сентября 2014 года, после того, как декан естественно-педагогического факультета к.ф.-м.н., доцент З. А. Зулпукаров был переведен на должность директора учебного департамента, на объявленном конкурсе на должность декана факультета большинством голосов профессорско-преподавательского состава был избран к.п.н., доцент Узакбаев Ибрагим Советович.
26 октября 2020 года решением Ученого Совета университета, (протокол № 2, приказ № 78, 26.10.2020) естественно-педагогический факультет был снова разделен на два:
- Факультет естественно-педагогических и информационных технологий (ФЕПИТ);
- Гуманитарно-педагогический факультет (ГПФ).
Также по приказу ректора исполняющей обязанности декана факультета естественно-педагогических и информационных технологий была назначена к.ф.-м.н., доцент Жээнтаева Жумагүл Кенешовна;
9 декабря 2020 года на объявленном конкурсе на должность декана факультета естественно-педагогических и информационных технологий, профессорско-преподавательским составом факультета к.ф.-м.н., доцент Жээнтаева Жумагүл Кенешовна была избрана на эту должность единогласно.
На основании результата выборов, по приказу ректора КУУ № 99-НИ от 10 декабря 2020 года, Ж.К.Жээнтаева стала деканом ФЕПИТ.